工貿易保稅制度作業，共有十一個流程，詳述如下：

一、合同審批
　　加工貿易企業在對外簽訂加工貿易合同后，應報外經貿主管部門審批。外經貿主管部門核查加工貿易企業經營狀況和生產能力后，根據有關規定審批合同。

二、合同備案
　　加工貿易合同由外經貿主管部門審批后，加工貿易企業需在企業所在地主管海關，辦理合同登記備案手續，海關在審核加工貿易企業提供的合同登記備案單證后，如認為必要，可派員到企業實地驗廠驗庫。
　　另依企業的分類等級及所進口料件的類別，作不同的對待。AA類企業隨即發給登記手冊，其馀則按合同備案料件金額簽發《銀行保證金臺帳開設聯系單》交加工貿易企業向指定的中國銀行辦理開設保證金臺帳手續。

三、臺帳開設
　　加工貿易企業持主管海關簽發的《銀行保證金臺帳開設聯系單》，向主管海關所在地的中國銀行辦理保證金臺帳開立手續。中國銀行根據海關簽發的聯系單及加 工貿易企業的申請，審核后按合同備案料件金額開立保證金臺帳。對于不需要繳納保證金之企業，中國銀行簽發《銀行保證金臺帳登記通知單》交加工貿易企業，憑 以向海關申領加工貿易《登記手冊》。

四、繳納保證金或申請保付保函
　　C類企業進口任何料件和B類企業進口限制類料件，除開立上述臺帳外，尚需繳納現金保證金或申請由中國銀行出具以海關為受益人的稅款保付保函，其中C類 企業應繳納的保證金金額或保付保函的金額為全額，B類企業則為半額。繳納保證金或出具保付保函后，中國銀行簽發《銀行保證金臺帳登記通知單》交加工貿易企 業，憑以向海關申領加工貿易《登記手冊》。

五、手冊核發
　　海關根據中國銀行簽發的《銀行保證金臺帳登記通知單》及其他有關單證，向加工貿易企業核發加工貿易《登記手冊》。加工貿易企業憑此《登記手冊》，辦理有關保稅貨物的進出口和合同核銷的手續。

六、進口料件
　　經海關合同登記備案的加工貿易項下的料件進口（或結轉）時，加工貿易企業應持海關核發的《登記手冊》及其他有關單證，填寫進料加工或來料加工專用進口 貨物報關單向進境地海關申報，并在《登記手冊》「進口料件報關登記表」內，填明有關進口料件的品名規格、數量、價值等內容。

七、出口成品
　　進口料件經加工生產裝配為成品返銷出口（或結轉）時，加工貿易企業應持海關核發的《登記手冊》及其他有關報關單證，填寫進料加工或來料加工專用出口貨物報關單，并在《登記手冊》「出口成品登記表」，填明有關出口成品的品名規格、數量、價值等內容后，向出境地海關申報。

八、合同核銷
　　加工貿易企業在海關規定的期限內，執行完畢加工貿易合同或最后一批加工產品出口后一個月內，應持必要單證到主管海關辦理合同核銷手續。
　　海關對加工貿易企業提供的核銷單證審查是否齊全、有效。經審核合同執行情況正常的，海關對合同予以核銷結案，簽發「核銷結案通知書」。同時對開設銀行保證金臺帳的合同，簽發《銀行保證金臺帳核銷聯系單》。

九、臺帳銷帳
　　加工貿易企業持海關簽發的《銀行保證金臺帳核銷聯系單》，向原開立臺帳的中國銀行辦理保證金臺帳銷帳手續，對已繳納保證金者，退還其保證金，對出具保付保函者，則解除保付保函責任。

十、加工貿易合同變更
　　加工貿易合同在執行過程中發生合同變更事項，如合同延期、增加進口料件等，加工貿易企業應報經外經貿主管部門和主管海關核準，由海關簽發《銀行保證金 臺帳變更聯系單》，加工貿易企業憑此聯系單，向設立臺帳的中國銀行辦理保證金臺帳延期等變更手續，必要時尚需補繳保證金或增加保付保函金額。

十一、成品不出口時之手續
　　在加工貿易合同執行過程中，如加工的產品因故不能復出口，而轉為在國內銷售的，加工貿易企業應事先報外經貿主管部門批準，并向主管海關繳納進口稅款和補辦其他進口手續后，方可內銷。