報關內部控制制度，是指針對企業的報關作業流程，設置必要的控制點，并將此控制點與企業的報關人事責任系統、國家海關法規、企業報關作業流程與規定，以及各項報關作業合同、手冊等等，全面串連成為合理化的報關作業制度。

（一）建立關務內部控制制度的必要性：
（1）關務內部控制制度有助于防止走私違法風險；
（2）關務內部控制制度有助于完善企業管理、防止失誤；
（3）關務內部控制制度的建立有助于自覺遵守海關的法律法規，有助于享受通關便利，有助于避免走私違規的處罰及通關遲延所產生的管理成本；
（4）關務內部控制制度有助于提高海關六套賬及海關報表的可靠性。

（二）  關務內部控制制度的內容范圍及架構：
（1）企業組織系統管理；
（2）企業報關人事制度與權責系統管理；
（3）企業經營型態與經營項目所適用的國家海關法規匯總；
（4）企業各種貿易方式、各種類產品報關內控流程圖及流程說明；
（5）企業各種貿易方式、各種類產品報關流程內控檢查表；
（6）企業報關的差錯率定義及差錯率目標設定與獎懲；
（7）工商批文、營業執照相關文件管理；
（8）報關注冊證與報關年審相關的文件管理；
（9）征免稅證明的文件管理；
（10）進出口許可證的文件管理；
（11）商檢證的文件管理；
（12）各項進出口特許證件管理；
（13）保稅產品運輸工具登記的文件管理；
（14）報關員培訓計劃與管理辦法；
（15）報關員注冊與年審的文件管理；
（16）直接報關主管登記的文件管理；
（17）企業報關專用章、報關員章、報關主管章的管制與管理辦法；
（18）報關手冊與清單的管制與管理辦法；
（19）加工合同的管制、核銷與管理辦法；
（20）進、出口報關單的管制與管理辦法；
（21）轉廠進、出口報關的管制與管理辦法；
（22）展覽品、樣品及不作價貨品的進出口管制與管理辦法；
（23）內購材料的海關報備與管理辦法；
（24）內銷的報關批準與管理辦法；
（25）各合同的銀行臺賬保證金建立、核銷管理辦法；
（26）關務賬的管理辦法；
（27）關務內控制度的稽核與自我評估辦法；
（28）關務實際差錯案例的矯正與預防辦法；
（29）關務實際差錯案例的每月、每季、每年統計分析；
（30）關務內控制度的管理審查會議召開辦法。

（三）  關務內部控制制度的稽核：
（1）了解關務內控制度稽核的重要性：任何制度，辛苦建立，若無后續的稽核與成敗評定的獎懲實施，必然失敗，則前面投入的成本與時間都將付諸流水。
（2）搜尋方向：
順向：合同備案→報關檢查表→報關單→報關單證→驗收入庫單→海關六套賬→成品出庫單→出口報關檢查表→出口報關單→海關六套賬→合同核銷→保證金臺賬核銷→海關六套賬
順向搜尋可查找：
1、各種違反內控制度的情形；
2、報關作業不規范的情形；
3、海關賬記錄不確實的情形。
逆向：出庫單或入庫單→報關單檢查表→報關單→合同備案或核銷→海關六套賬。
逆向搜尋可查找：
1、空轉、盜賣合同，或違法內銷內購的各種不法情形；
2、各種違反內控制度的情形；
3、各種報關作業不規范的情形。
（3）對已發生的差錯案例查明其改進情形與統計結果及預防措施。
（4）對每個內部控制的環節，抽查其執行情形與書面的規定是否相符，若不相符則作稽核記錄進行研討；若屬執行不力，則加強內控制度的倡導及監督，若屬制度不適用，則提出修改制度與流程建議。
（5）對稽核結果形成書面稽查報告，并與報關人員及報關主管確稽核報告內容。
（6）將稽核報告呈給報關主管的上級主管，副本一份給報關部。
（7）呈稽核報告、稽核控制表及請款單一份向公司財務請款。
（8）稽核工作將編制工作底稿以佐證稽核報告的結論。

下次稽核將追蹤稽核報告所列缺失的改善情形與關務管理審查會議的會議記錄關于關各控制缺失的交辦改善情形。